Professeur agrégé de Lettres classiques, Jacques Monférier a enseigné le français, le latin et le grec au lycée Louis-Barthou de Pau, avant d’être nommé à la faculté des lettres de Bordeaux. Après sa thèse de doctorat soutenue à la Sorbonne en 1972, il devient professeur de littérature française, spécialiste de l’époque symboliste à l’université Michel de Montaigne, héritière de la faculté des lettres de Bordeaux. Ayant créé dès 1972 à l’université, un centre de recherches sur François Mauriac, il est choisi en 1986 pour mettre en place un centre culturel installé par la région Aquitaine dans l’ancienne maison de François Mauriac à Malagar.
Dans le même temps, en application de la loi de 1971 sur l’éducation permanente, il crée et dirige à l’université le service de « formation continue » et il exerce des responsabilités pédagogiques et administratives : directeur du département de Français, de l’unité de Lettres et arts, vice-président puis président de l’université de 1983 à 1989. Membre de la Commission permanente de la Conférence nationale des présidents d’université, il s’engage dans la défense de la francophonie et siège au conseil puis au conseil scientifique de l’Association internationale des universités francophones.
Ses travaux de recherche concernent essentiellement l’œuvre de François Mauriac à laquelle il a consacré l’essentiel de ses publications.
Après sa retraite universitaire, il préside l’Office culturel et éducatif de la ville de Talence. Durant dix-neuf années, il est adjoint au maire, puis premier adjoint.
Il a présidé l’Académie de Bordeaux en 2010.
Chevalier de la Légion d’honneur, chevalier de l’Ordre national du Mérite. commandeur des Palmes académiques.